Soutenance de thèse de Jie Lyu

Virus extrêmophiles issus de sources hydrothermales marines profondes

Venez nombreux à la soutenance de thèse de Jie Lyu du laboratoire BEEP LMEE. Rendez-vous dans l'amphi A de l'IUEM Vendredi 13 Mai 2022 à 14 h

Résumé

On estime que les virus sont plus abondants que les procaryotes dans les écosystèmes hydrothermaux marins profonds. Ces virus jouent un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques et contribuent à l'évolution et à l'adaptation de leurs hôtes cellulaires.
Cependant, la diversité virale, la nature des interactions virus-hôtes et leurs rôles fonctionnels dans ces environnements marins extrêmes sont peu connus. À ce jour, seuls 12 virus ont été isolés et caractérisés de ces environnements hydrothermaux océaniques profonds, dont 3 archéovirus et 9 bactériovirus.
Pour mieux comprendre les relations virus-hôtes et l'influence des virus sur le compartiment microbien dans ces environnements marins extrêmes, nous avons suivi les cycles viraux dans des conditions environnementales variables.
Dans un bioréacteur, en culture continue, nous avons étudié une communauté microbienne simple, composée d’une bactérie, d’une archée et leurs virus. MPV1 infecte Marinitoga piezophila, une bactérie thermophile, anaérobie et piézophile, et le virus « TTLV1 » infecte Thermococcus thioreducens une archée hyperthermophile, anaérobie. Sous différents changements de paramètres (variations de températures, carence en soufre et en source carbonée), l'abondance des hôtes et des virus a été suivie par cytométrie de flux, combinée à une analyse par qPCR ciblant le gène de l'ARNr 16S, un gène viral de la MCP (protéine majeure de la capside) et un gène hypothétique de plasmide bactérien. Nous avons voulu explorer les éventuels effets en cascade causés par de potentiels changements dans les stratégies virales en réponse aux facteurs de stress rencontrés naturellement dans les environnements hydrothermaux marins. Ces interactions virus-hôtes peuvent impliquer un transfert horizontal de gènes et se traduire par une meilleure adaptabilité des hôtes à leur environnement.
L'importance de l'interaction entre les virus et les vésicules membranaires est également abordée dans cette thèse.