Soutenance de Thèse de Marc Cozannet

Aspects physiologiques et écologiques des Methanomassiliicoccales dans des environnements terrestres et aquatiques

Venez nombreux à la soutenance de thèse de Marc Cozannet. Rendez-vous dans l'amphi D de l'IUEM le Mardi 30 Mars à 13h30

Résumé

Les Methanomassiliicoccales sont des archées méthanogènes hydrogénotrophes méthyle-dépendantes réparties en deux clusters phylogénétiques reflétant leurs adaptations aux environnements digestifs (cluster hostassociated) ou non-digestifs (cluster free-living). Nos connaissances les concernant se limitent surtout à des études centrées sur des milieux digestifs. De nombreuses questions demeurent ainsi sur le mode de vie et les adaptations des représentants du cluster free-living dans des environnements non-digestifs. Cette thèse visait à améliorer nos connaissances sur leur biologie en étudiant leur distribution, leur diversité, leur abondance ainsi que leurs potentiels métaboliques et physiologiques dans des habitats non-digestifs. Une stratégie expérimentale originale fondée sur la combinaison d’approches moléculaires et culturales élaborées a été mise en œuvre en vue d’adresser ces questions. Des analyses de diversité et d’abondance sur un panel d’échantillons de natures et d’origines variées, ont mis en évidence la faible abondance et diversité taxonomique des Methanomassiliicoccales dans les échantillons criblés.
Les approches culturales mises en œuvre ont permis d’obtenir un enrichissement significatif en Methanomassiliicoccales à partir d'un microcosme inoculé avec des sédiments d'eau douce. Une analyse en métagénomique de cet enrichissement a permis la reconstruction d'un metagenome assembled genome (MAG) correspondant à une nouvelle espèce candidate (Candidatus 'Methanomassiliicoccus armoricus MXMAG1') du cluster free-living. Son analyse a révélé la présence des gènes impliqués dans la réponse et la régulation de stress environnementaux (ex. : pH, température, métaux lourds) et ceux impliqués dans la méthanogenèse hydrogénotrophe méthyle-dépendante.
Enfin, des analyses en réseaux de cooccurrence se basant sur des données de diversité ont permis de révéler la cooccurrence des Methanomassiliicoccales avec des taxa bactériens inféodés aux tractus digestifs et connus pour entretenir des relations syntrophiques avec des archées méthanogènes.